当事人可以请求合同纠纷进行调解的部门：
1、行政调解，当事人双方在其上级业务主管部门主持下，通过说服教育，自愿达成协议；
2、仲裁调解，依照合同中的仲裁条款或者事先达成的仲裁协议，向仲裁机构提出申请，在仲裁机构主持下，根据自愿协商，互谅互让的原则，解决纠纷的方式；
3、法院调解，在人民法院的主持下，双方当事人平等协商，达成协议，经人民法院认可后，终结诉讼程序的活动。合同纠纷起诉到人民法院之后，在审理中，法院首先要进行调解。
合作合同和劳务合同的区别有主体资格的不同，国家干预的力度不同等，具体如下：
1、主体资格的不同：
（1）劳动合同的主体包括用人单位和劳动者。用人单位是企业及个体经济组织。在劳动合同中，劳动者与用人单位提供的生产资料相结合，从而实现劳动的社会化，而且劳动者已经成为该经济组织中的一员，与用人单位具有身份上的从属性和依附性，这也是其与合作协议最大区别之所在；
（2）在合作协议中，其主体并不具有上述的限制，合作协议主体之间的法律地位完全平等，相互独立，不具有身份上的隶属性和依附性。
2、国家干预的力度不同；
3、争议的处理方式不同：
（1）即对于劳动争议须经过劳动争议仲裁委员会的仲裁，对仲裁不服的当事人方可起诉；
（2）而在合作协议中发生的争议的调整，发生纠纷后当事人可直接诉诸于法院，而勿需受仲裁前置之限。
4、合同当事人双方的权利、义务不同：
（1）在劳动合同中，劳动法律关系的存在具有相对的稳定性，用人单位负有为劳动者交纳养老保险、医疗保险、失业保险等社会保险的义务；
（2）而在合作协议中，其稳定性较差，一方也没有为另一方缴纳社会保险的义务。
综上所述，当事人可以请求合同纠纷进行调解的部门，行政调解，当事人双方在其上级业务主管部门主持下，通过说服教育，自愿达成协议；仲裁调解，依照合同中的仲裁条款或者事先达成的仲裁协议，向仲裁机构提出申请，在仲裁机构主持下，根据自愿协商，互谅互让的原则，解决纠纷的方式。
【法律依据】：
《中华人民共和国民事诉讼法》第九条
人民法院审理民事案件，应当根据自愿和合法的原则进行调解；调解不成的，应当及时判决。
第十条
人民法院审理民事案件，依照法律规定实行合议、回避、公开审判和两审终审制度。
